序引卷上五轮八廓总论五轮之图五轮图式八廓之图八廓图式大赤脉传睛小赤脉传睛肉攀睛鸡冠蚬肉两睑粘睛眵泪粘浓眵泪净明蝇翅黑花目暗生花热极眵睛胞肉胶凝胞肉生疮睑生风粟天行赤眼大患后生翳暴露赤眼生翳暴风客热痛如
叙卷一肿疡（谓疮疡未出脓者）溃疡(谓疮疡已出脓者)溃疡作痛卷二溃疡发热(附恶寒)发背脑疽卷三鬓疽时毒(谓毒发于面鼻耳项)疔疮臀痈(附腿痈并腿痛香港脚)卷四脱疽肺痈肺痿肠痈卷五瘰流注疮疡作渴作呕卷六咽喉
简介序卷上卷下
明目论看眼诀图眼病歌诀冷眼歌诀热眼歌诀药性光明赋五经虚泻五经火眼目虚实冷热论点药药性炮炼法男女禁忌看眼法演药法点药法制药法煎膏法研药法合药法用药法服药法禁忌主药方辅药方加减方按五轮治疗捷法四季加减煎药
正文浮沉迟数滑涩人迎气口阳维阴维阳跷阴跷督任冲带附录运功规法南北规中引南旋式北旋式
序序刻孙真人眼科秘诀序卷之一孙真人眼科总理七十二症秘诀冲和汤玄灵圣方制炉甘石药开明汤十大将军冲翳散揭障丹十二将军二圣散论二圣散扫雾丹制蕤仁之法大决明散赛宝丹调合赛宝丹法补脑还精丸外治烂弦迎风有泪方卷之
序卷上医之可法或问手足太阳、手足阳明、手足少阳、俱会于首、然六阳会于首者、亦有阴乎经脉终始日用人肖天地问脾寄于坤如何．是损至第三．若从脾为．第二从肾为第四请言脾数明经络之数有几问三焦有几问脏腑有几伤寒
序一序二序三卷之一一辨气二辨色三辨舌辨传经夹血夹脾虚夹肾虚夹亡血夹疝夹心胃痛夹哮喘卷之二表证发热恶寒寒热往来头痛头眩头胀头重目胀项强酸背痛酸腰痛酸膝痛酸胫腿痛酸足痛肩臂痛酸腕痛周身骨节酸痛身重自汗盗汗
自序凡例卷一月经治月经病方卷二胎前治胎前病方秦氏世传逐月养胎方卷三小产治小产病方临产治临产病方附前人治临产效方卷四产后治产后病方卷五带下治滞下病方崩漏治崩漏病方附录前人治临产效方卷六妇女杂病治妇女杂病
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并